Trường THCS Thạch Trung – TP Hà Tĩnh được thành lập vào ngày 20 tháng 8 năm 1967. Trải qua hơn 50 năm xây dựng và trưởng thành, đến nay trường đã có một bề dày truyền thống giáo dục và có khuôn viên khang trang nằm trên trục đường liên xã. Trường đóng tại xóm Đoài Thịnh xã Thạch Trung- TP Hà Tĩnh.
Trường được thành lập vào thời kỳ thuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước đang diễn ra ác liệt nên phải tổ chức học phân tán ở nhiều địa điểm tại các xóm Trung Hưng, Đoài Thịnh, Đông Vượng xã Thạch Trung.
 Hiệu trưởng đầu tiên của trường là thầy giáo Trần Văn Quý- quê ở Can Lộc- Hà Tĩnh. Mặc dù gặp nhiều khó khăn thiếu thốn trăm bề nhưng nhà trường vẫn hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao.
Năm 1970  thầy Lê Công Uẩn quê ở phường Thạch Linh- TP Hà Tĩnh được cử làm hiệu trưởng, tiếp quản một cơ ngơi phân tán lụp xụp, song thầy cùng tập thể nhà trường đã giữ vững những thành tích về mọi mặt, đáp ứng công tác giáo dục cho xã nhà.
Năm 1980  thầy Trương Quang Thuyết quê ở xã Thạch Đài- Thạch Hà được cử làm hiệu trưởng nhà trường. Mặc dù chỉ có một năm công tác ở trường, song thầy Thuyết đã đưa phong trào thi đua “ Dạy tốt- Học tốt” đi lên và đạt hiệu quả tốt.
Năm 1981 thầy Đồng Văn Hào – quê ở Thị trấn Thạch Hà- Huyện Thạch Hà được đề bạt làm hiệu trưởng nhà trường. Thời gian này trường về địa điểm trường  tiểu học Thạch Trung hiện đóng, công tác giáo dục trên địa bàn từng bước đi lên và thu được nhiều thành tích rực rỡ.
Năm 1983 thầy Nguyễn Sỹ Đôn- quê ở xã Phù Việt- Huyện Thạch Hà được đề bạt làm hiệu trưởng. Đây là những năm mà kinh tế của nhân dân gặp nhiều khó khăn, đã có lúc có hàng loạt học sinh bỏ học. Nhưng với tinh thần trách nhiệm của một người quản lý, với lòng yêu nghề mến trẻ, thầy giáo Nguyễn Sỹ Đôn đã duy trì tốt thành tích giáo dục của nhà trường. Thời kỳ này đã có nhiều giáo viên được công nhận giáo viên giỏi cấp huyện, nhiều học sinh đạt danh hiệu giỏi cấp huyện. Trường đã bắt đầu có những bước khởi sắc.
Năm 1986 thầy Đặng Văn Minh – quê ở xã Thạch Trung, TP Hà Tĩnh – nguyên là cán bộ chuyên viên phòng giáo dục Thạch Hà được cử làm Hiệu trưởng nhà trường. Với trách nhiệm một Đảng viên, với niềm say mê với công tác giáo dục, đặc biệt là giáo dục trên địa bàn nơi cư trú nên thầy đã đưa hết khả năng và sức lực của mình tiếp tục gây dựng phong trào giáo dục. Những năm thầy làm hiệu trưởng đã để lại dư âm tốt đẹp trong lòng  mọi người về tinh thần đoàn kết, về tinh thần yêu thương đoàn kết giúp đỡ lẫn nhau.
Từ năm 1988, Hiệu trưởng nhà trường là thầy Phan Công Chỉ - quê ở Thạch Trung. Đây là thời gian trường cấp 1 và cấp 2 sát nhập với nhau. Dưới sự chỉ đạo của thầy, không những duy trì được thành tích của các thế hệ đi trước mà còn phấn đấu đạt được những thành tích xuất sắc trong phong trào giáo dục. Những bông hoa trong phong trào thi đua dạy tốt học tốt đã xuất hiện, nhiều học sinh, giáo viên giỏi cấp huyện, cấp tỉnh đã được công nhận.
Năm 1992, trường tách thành trường TH, và trường THCS. Thời gian đầu 2 trường vẫn chung địa điểm. Trường tHCS do thầy Lê Công Tịnh – quê ở Đức Thọ - Hà Tĩnh, được cử làm Hiệu trưởng nhà trường. Mặc dù cơ sở vật chất còn hạn chế, chỉ có 12 phòng học đơn sơ cấp 4, bàn ghế cũ kỹ, nhưng thầy Lê Công Tịnh đã vừa xây dựng cơ sở vật chất nhà trường, vừa tổ chức xây dựng phong trào dạy tốt học tốt. Thời kỳ này nhiều phong trào thi đua phát triển rầm rộ như phong trào viết SKKN, phong trào TDTT, phong trào văn nghệ ….Nhiều năm liền trường được công nhận là trường tiên tiến cấp Thị, có thể nói rằng đây là thời kỳ mà công đoàn trường đã phát huy tốt chức năng của mình là động viên đoàn viên công đoàn hoàn thành nhiệm vụ chuyên môn, xây dựng công đoàn cơ sở vững mạnh xuất sắc. Năm 2000 trường chuyển sang địa điểm mới tại số 100 đường Hà Hoàng.
Đến năm 2001, thầy Nguyễn Sỹ Hùng quê ở thị trấn Thạch Hà, huyện Thạch Hà, được đề bạt làm hiệu trưởng nhà trường. Đây là năm học đầu tiên trường chuyển về địa điểm hiện nay.  Thật là khó khăn, khuôn viên nhà trường chưa ổn định, hàng rào, sân bãi không có; đất đá ngổn ngang, mặt bằng chưa hoàn thiện….Nói là trường nhưng chỉ duy nhất có 12 phòng học cao tầng, vì vậy nhà trường lấy 1 phòng học làm văn phòng hội họp, làm nơi dừng chân cho giáo viên sau mỗi giờ lên lớp. Năm 2008, nhà trường được công nhận trường đạt chuẩn quốc gia giai đoạn 2008 – 2013.
Tháng 8  năm 2008, thầy Trần Hưng Quốc được đề bạt làm hiệu trưởng. Phát huy truyến thống nhà trường, chất lượng giảng dạy cũng như giáo dục của trường THCS Thạch Trung tiếp tục tăng tiến. Số lượng học sinh giỏi tỉnh, thành phố năm sau cao hơn năm trước. Năm học 2009 – 2010 trường được công nhận tập thể tiên tiến xuất sắc. Phong trào Đoàn đội – TDTT phát triển mạnh. Cũng trong năm học 2009 -2010 liên đội đã vinh dự được Trung ương Đoàn tặng bằng khen.
Tháng 9 năm 2012, cô Nguyễn Minh Chi được đề bạt làm hiệu trưởng. Trường THCS Thạch Trung vững bước đi lên, tiếp tục gặt hái những thành quả đáng tự hào. Cơ sở vật chất nhà trường ngày càng khang trang. Nhiều trang thiết bị dạy học hiện đại được đưa vào sử dụng.
Tháng 9/2017, thầy Nguyễn Đình Chiến được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng nhà trường. Năm 2018 trường được công nhận đạt chuẩn quốc gia giai đoạn 2018-2023, năm 2019 được công nhận đơn vị đạt chuẩn văn hóa.
Như vậy từ ngày thành lập đến nay hơn 50 năm phát triển và trưởng thành,  trường THCS Thạch Trung đã có nhiều thành tích đáng trân trọng. Cũng từ mái trường này nhiều thế hệ giáo viên và học sinh đã trưởng thành, nhiều giáo viên giỏi được đề bạt làm cán bộ quản lý, nhiều học sinh đã trở thành cán bộ lãnh đạo Đảng, nhà nước, giảng viên đại học, các doanh nhân tài ba…